Im Zentrum der Kollegaktivitäten steht das 2007 ins Leben gerufene Alfried Krupp Fellows-Programm, an dem inzwischen über 180 Gastforschende teilgenommen haben. Es bietet aufstrebenden und herausragenden Persönlichkeiten aus der Wissenschaft, fernab von ihren alltäglichen akademischen Verpflichtungen, die Möglichkeit, ein größeres wissenschaftliches Projekt im Kolleg durchzuführen.

Jährlich werden etwa zwölf Gastforschende (»Senior Fellows« und »Junior Fellows«) aus dem In- und Ausland nach öffentlicher Ausschreibung in einem kompetitiven Verfahren ausgewählt und wahlweise für sechs oder zwölf Monate in das Kolleg eingeladen. Die Auswahl der Fellows orientiert sich vorrangig an ihrer wissenschaftlichen Exzellenz und der Qualität der vorgeschlagenen Forschungsprojekte. Zusätzlich werden bereits bestehende und zu erwartende konkrete Kooperationen mit Greifswalder  Forschungseinrichtungen im Auswahlprozess wertend einbezogen.

Die erwünschte Kopplung des Fellows-Programms mit den Forschungsschwerpunkten der Universität Greifswald zielt darauf ab, sinnvoll zu ergänzen sowie nationale und internationale Kooperationen anzubahnen. Darüber hinaus werden die Fellows ermuntert, ihre Forschungsprojekte, die nahezu alle Fachgebiete umfassen können, auch dem wissenschaftlichen Nachwuchs zu vermitteln und sich mit Vorlesungen und Seminaren an der universitären Lehre zu beteiligen. Es wird bei der jährlichen Auswahl der Fellows auf eine internationale Zusammensetzung der Gastforschenden Wert gelegt. In der Regel kommen etwa 30 Prozent der Fellows aus dem Ausland.

Die Verbundenheit der ehemaligen Fellows mit dem Kolleg kommt durch eine Alumni-Initiative zum Ausdruck, in deren Rahmen regelmäßige Kontakte zum Kolleg gepflegt werden, u. a. durch ein traditionell im Juni stattfindendes Alumni-Treffen, zu dem auch die aktuellen Fellows und Freunde des Kollegs eingeladen werden.