Der im Jahr 2002 fertiggestellte Gebäudekomplex des Kollegs liegt im historischen Zentrum der Universitäts- und Hansestadt Greifswald. Unmittelbar neben dem Dom St. Nikolai verbindet das von Professor Dipl.-Ing. Michael Gaenssler entworfene Kolleggebäude Neubauten harmonisch mit einem restaurierten Baudenkmal, der sogenannten „Alten Apotheke", dem ältesten in Holzständerbauweise errichteten Fachwerkhaus Mecklenburg-Vorpommerns.

Auf einer Grundfläche von rund 2.400 Quadratmetern verfügt das Kolleg über Arbeitsräume für Forschende, Studierende, Mitarbeitende sowie über großzügige Veranstaltungsräume. Für Fellows stehen darüber hinaus attraktive Appartements zur Verfügung. Als Bauherrin wandte die Alfried Krupp von Bohlen und Halbach-Stiftung rund 16 Millionen Euro für die Errichtung der neuen Kolleggebäude und die Sanierung der in den Gebäudekomplex integrierten „Alten Apotheke" auf. Die Gesamtnutzfläche der Gebäude beträgt 4.500 Quadratmeter.

Im Jahr 2016 wurde der Gebäudekomplex um das im unmittelbaren Grundstücksverbund befindliche sogenannte „Pfarrwitwenhaus“ erweitert. Die Alfried Krupp von Bohlen und Halbach-Stiftung finanzierte die denkmalgerechte Sanierung des in ihrem Eigentum stehenden Gebäudes und überließ es der Stiftung Alfried Krupp Kolleg Greifswald zur Erfüllung ihrer satzungsgemäßen Aufgaben.